墨江哈尼族自治县林业和草原局内设8个职能股室，办公室、行政审批与政策法规股、生态修复与种苗管理股、林草资源管理股、生态保护股、林草改革与产业科技股、规划财务股、林草防火股。所属事业单位6个，墨江哈尼族自治县林业和草原有害生物防治检疫中心（加挂墨江哈尼族自治县林业和草原综合行政执法大队牌子）、墨江哈尼族自治县公益林管理站、墨江哈尼族自治县林长制工作中心（加挂墨江哈尼族自治县县级自然保护区管护局牌子）、墨江哈尼族自治县林业和草原科技推广服务中心（加挂墨江哈尼族自治县林木种苗检验站牌子）、墨江哈尼族自治县森林和草原资源监测管理站、墨江哈尼族自治县国有林场（加挂墨江哈尼族自治县林业投资服务中心牌子）。